ピーチ姫から、オリガミまつりの招待状を受けとったマリオとルイージ。
うきうきしながらキノピオタウンに到着すると…
どうしたことでしょう。町には誰もいません。
不思議に思いつつピーチ城に向かうと、そこにはオリガミになったピーチ姫の姿が！

おどろくマリオの前に現れたのは、オリガミの王「オリー」でした。

オリー王は、マリオのなかまの「ペラペラ」たちを折りたたみ、世界をオリガミのための「オリガミ王国」に作り変えてやると言い放ちます。
すると、あちらこちらから巨大な紙テープがのびてきて、ピーチ姫もろとも城を遠い山の上へと運び去ってしまいました。

マリオは、オリー王の妹「オリビア」と共に、また、時にはペラペラのクッパ軍団とも一緒に世界を駆け巡り、オリガミの野望を阻止すべくピーチ城をめざします。