アカネイア大陸をめぐる、英雄アンリと暗黒竜メディウスの戦いから、百年。
突如復活したメディウスにより、世界は再び恐怖と絶望に覆われていた。
メディウスはドルーア帝国を再建、同じく世界制覇の野望を持つ司祭ガーネフと手を組み、大陸全土を制圧しようとしていた。
英雄アンリの血を引くアリティア王国国王コーネリアスは、かつてアンリがメディウスを倒したように、神剣ファルシオンを持って出撃するも、同盟国グラの裏切りによりアリティア軍は壊滅。アリティアは滅亡し、ファルシオンも奪われてしまう。
当時14歳だったアリティアの王子マルスは、辺境の島国タリス王国への亡命に成功。タリスの人々に暖かく迎えられながら、祖国解放の日を夢見ていた。
しかし、16歳を迎えたある日、ガルダの海賊が突如タリス城を占拠。マルスは、城から逃げ延びてきた王女シーダとわずかばかりのアリティア兵と共に、タリス城へと向かう。

味方ユニットのクラスチェンジをはじめ、特定のユニット3体で囲むと発生するトライアングルアタックや、死亡・撤退した味方は復活できないという原則も、この1作目から採用されている。