のちの世に「混迷の時代」とよばれたユグドラル統一戦争の初期、トラキア半島の小国レンスターに一人の英雄がいた。聖戦士ノヴァの血を受け継ぐ王子、その名をキュアンという。
キュアンとその妻エスリンは、苦境に立つ友シグルドの救援に向かうべく、一軍を率いてイードに向かうも、トラキア軍の奇襲を受けて全滅。のちに「イードの虐殺」と呼ばれるこの戦いで、レンスターの希望は、愛する妻と共に短い生涯を終えた。
トラキアは全軍を持ってレンスター城を襲撃。からくも生き残ったキュアンの遺児リーフ王子は、騎士フィンに守られながら、トラキア各地をめぐる逃避行の末、東海岸の小さな開拓村、フィアナにたどりつく。
――そして、グラン暦776年、リーフ15歳。成長したリーフは、隠れ住むフィアナ村が襲撃を受けたのをきっかけに決起。グランベルの圧政に苦しむ人々や、かつての遺臣を集め、レンスター再興を目指す彼の聖戦が始まる。

本作から「体格」のパラメーターが登場。体格値が高いユニットほど重い武器を扱いやすくなるほか、「かつぐ」「捕獲」といった行動も可能。一定確率でユニットが再び動ける「再行動」や、蓄積すると出撃不能状態に陥る「疲労」といった、特有のシステムも。