古いにしえの時代、魔物の脅威に晒されていたマギ・ヴァル大陸。人は、魔を封じる五つの聖石をもって平和を手に入れた。大陸はいくつかの国々に分かれ、聖石を守護石として、国家を形成していた。約八百年の間、世界は穏やかな平和を保っていたのだ。
しかし、最大の国力を誇るグラド帝国が突如大陸全土に侵攻を開始したことで、事態は一変する。長年の同盟国である帝国からの突然の攻撃に、隣接するルネス王国は反撃もままならず、次々と要所を落とされていった。王女エイリークを辛くも脱出させたルネス国王ファードは、自ら王城に残り最後まで抵抗するも、ついにルネス王国は陥落する。
騎士ゼトをはじめとする数名の従者と共に、フレリア王国へと落ち延びたエイリーク。戦いの実感に戸惑いながらも、戦場にて消息が途絶えてしまった兄、王子エフラムを探し出すべく、グラド帝国へ旅立つのだった。

本作は、エフラムとエイリークの二人から主人公を選ぶことができ、選択した主人公によって物語が分岐する。さらに、何度でも挑戦できるエクストラマップによって、育成をより自由に楽しめるように。また、上位クラスにクラスチェンジする際、2種類の兵種から選ぶことができるようになり、より幅広い戦略も可能になった。