女神に祝福されし大地、テリウス。
そこには長きに渡り勢力争いを続ける、ベオクとラグズというふたつの種族がいた。武器と英知を持って戦うベオクと、自らの肉体を化身させて戦うラグズ。長い歴史のなかで抗争と和解を繰り返しながら、彼らはそれぞれの国を作り、生を営んできた。そして現在、大陸には7つの国家が割拠し、微妙な均衡のもと比較的安定した時期に入りつつあるかと思われた。
ベオクのひとりである、傭兵団長グレイルの息子アイクは、山賊団の討伐や海賊退治などの任務をこなしながら、戦いの経験を積んでいた。そんな中、国王アシュナードに率いられたデイン王国が突如クリミア王国へ侵攻を開始。圧倒的な戦力差に、なすすべもなくクリミアは陥落してしまう。
戦況を偵察すべく戦場へ向かったアイクたちは、道中で一人の女性を救出する。それこそ、世間から隠されていたクリミアの王女、エリンシアだった。「私を……ガリアへ逃がしていただけませんか？」そう彼女に依頼されたグレイル傭兵団は、協議の末、彼女を護衛することを決意する。

本作では、命中と回避に補正のかかるバイオリズムなどの新システムや、ラグズと呼ばれる「獣牙族」「鳥翼族」「竜鱗族」といった新ユニットが導入された。また、個々の特別な能力「スキル」システムも復活。他のユニットに「体当たり」して1マス移動させることができるなど、新しいコマンドも追加された。