テリウス大陸全土を震撼させた、デインとクリミアの戦乱より三年。デインを退け、国を奪還したクリミア王国は、先王の遺児エリンシアを女王として再興。敗北したデイン王国は、宗主国たるベグニオン帝国の統治下に置かれることとなった。
しかし旧デイン王国では、ベグニオン駐屯軍による圧政が国民を苦しめ、人々の不満は募る一方だった。治癒と予見の能力を持つ「銀の髪の乙女」ミカヤは、不当に虐げられるデインの民を救うべく、帝国の手を逃れた若者たちとともに義賊「暁の団」を結成。愛する祖国を帝国から解放するため奔走する。しかし、強大な駐屯軍の力により、国情は悪化の一途をたどるのみであった。
そんな中、先のデイン国王アシュナードの遺児が、「死の砂漠」で解放軍を組織するべく活動しているという噂を耳にしたミカヤたち。治めるべき王族を中心に国がまとまれば、再び祖国を解放することができるかもしれない。ミカヤたちは、希望の糸口を求め、「死の砂漠」へと足を踏み入れていく。

四部構成の本作は、進行によって主人公が変化し、複数の主人公の視点で物語を進めることになる。『蒼炎の軌跡』であったスキルシステムは、自由に着脱ができるようになった。