アカネイア大陸をめぐる、英雄アンリと暗黒竜メディウスの戦いから、百年。
突如復活したメディウスにより、世界は再び恐怖と絶望に覆われていた。
メディウスはドルーア帝国を再建、同じく世界制覇の野望を持つ司祭ガーネフと手を組み、大陸全土を制圧しようとしていた。英雄アンリの血を引くアリティア王国国王コーネリアスは、メディウスを倒すため神剣ファルシオンを持って出撃。その一子マルス王子は、母や姉と共に父王の留守を預かりながら、文武の修行に励む日々を送っていた。
――そんなある日、アリティア城内にグラ王国の兵士が攻め寄せてきた。姉エリスは、同盟国であるはずのグラ王国の裏切りにより、父のアリティア軍が壊滅したことをマルスに告げ、先に脱出するよう促す。
コーネリアスが亡き今、もはや神剣ファルシオンの継承者はマルスのみ。エリスは自ら城に留まることで時間を稼ぎ、マルスを無事脱出させることを選んだのだ。
姉の思いと、自らの立場を理解したマルスは、断腸の思いでアリティアを離れるのだった。
目指すは東方の島国、タリスである。

本作は、ファミリーコンピュータ用ソフト『暗黒竜と光の剣』にはない「序章」や「外伝」など、新マップが多数追加され、物語により深みが出るとともに、初心者にも易しい作りになっている。
クラスチェンジ以外で兵種自体を変更したり、章攻略の途中、マップ上のセーブポイントでセーブできたりと新たなシステムも導入。また、Wi-Fiコネクションを介して他プレイヤーから味方ユニットをレンタルできたり通信対戦ができたりと、新しい試みも数多く取り入れられている。
※Wi-Fiコネクションは、サービスを終了しております。