サムス・アランの活躍により、
惑星ゼーベスで全滅させられたかに思われた
スペースパイレーツであったが、
戦禍せんか を逃れた一団があった。

彼らは二手に分かれ、一方はゼーベスへ戻り、
もう一方は新たな惑星での再興を目指して
凄まじいエネルギー反応を感知した
惑星ターロンIVに降り立つ。
その反応の元こそが、のちに「フェイゾン」と
名づけられたエネルギー物質である。

やがて、サムスの乗ったスターシップの
レーダーが、
ターロンIVの軌道上に浮かぶ
とある宇宙船を捉える。
宇宙船に侵入したサムスは、
そこで、スペースパイレーツによる
「フェイゾン」を使った生命実験を
目撃することになる──