Gedownloade Nintendo 3DS-software en Virtual Console-titels worden opgeslagen op je SD-kaart, terwijl gedownloade Nintendo DSiWare wordt opgeslagen in het systeemgeheugen.

Alleen Nintendo DSiWare kan naar een SD-kaart en weer terug worden verplaatst, maar het is niet mogelijk om een Nintendo DSiWare-titel op te starten vanaf de SD-kaart. Om (een) Nintendo DSiWare-titel(s) te verplaatsen, kies je voor de optie 'Systeeminstellingen' van je Nintendo 3DS-systeem en vervolgens voor 'Geheugenbeheer'. Tik op het Nintendo DSiWare-pictogram en volg de instructies in beeld.

Opmerking: het is niet mogelijk om software, die op een SD-kaart is opgeslagen, op een ander Nintendo 3DS-systeem te gebruiken. Je kunt de software alleen opstarten op het Nintendo 3DS-systeem waarop je de software hebt opgeslagen.