Comparées aux piles jetables, les piles rechargeables se déchargent plus rapidement et leurs pôles positifs présentent une forme légèrement différente. Des problèmes de contact peuvent alors survenir dans le compartiment pour piles et entraîner des pertes de données, des interruptions de jeu ou des problèmes d'affichage.

De plus, ce type de pile ne dépasse pas 1,2 V alors qu'une tension de 1,5 V est nécessaire. Dès lors, la tension peut se révéler insuffisante pour alimenter le Game Boy ou le jeu peut s'interrompre brutalement.

Si des piles rechargeables sont néanmoins utilisées dans le Game Boy, notez qu'elles doivent être retirées de la console avant d'être rechargées.