Waarschuwing: De volgende tekst verklapt dingen over de eindbazen die je tegenkomt in METROID: Other M.

Brug Mass
Totdat je commandant het gebruik van missiles toestaat, moet je de aanvallen van deze vijand simpelweg ontwijken. Zodra je missiles zijn geactiveerd, moet je rondom Brug Mass cirkelen en wachten tot je een goed zicht hebt op zijn enige oog. Schakel op dat moment over naar een eerstepersoonsperspectief en knal er een welgemikte raket in. Als de tentakels van het beest vervolgens door je bondgenoten worden bevroren, moet je het lichaam van deze vijand aanhoudend onder vuur nemen. Maak het karwei af met een volgend schot in zijn oog, en feliciteer jezelf: je hebt de eerste eindbaas verslagen!

Sandfang
Deze wormachtige vijand steekt zijn kop uit gaten in de muren om je aan te vallen. Houd je hoofd koel en raak hem met missiles voordat hij een opgeladen schot kan vuren. Als hij helemaal uit een gat is gekomen moet je op hem blijven schieten tot zijn onderkant zichtbaar wordt. Gebruik op dat moment een Lethal Strike om hem te verslaan. De tweede Sandfang die verschijnt laat zich moeilijker met missiles raken. Gebruik daarom gewoon je armkanon om het proces te herhalen en met deze eindbaas af te rekenen.

King Kihunter
De eerste aanvalsgolf van deze King bestaat uit een leger wespachtige insecten. Blijf in beweging om deze lastpakken te ontwijken en vernietig ze met opgeladen schoten van je Diffusion Beam. Als de eerste aanvalsgolf is verslagen, moet je afrekenen met de vijf cocons die aan het plafond hangen. Hiervoor moet je overschakelen naar het eerstepersoons perspectief en missiles op de cocons vuren, als ze zich openen om op je te schieten. Blijf dit patroon herhalen tot alle cocons zijn verslagen, en gebruik vervolgens nog wat missiles om met de King Kihunter af te rekenen.

Mystery Creature
Je begint dit gevecht aan de grond genageld en ziet je vijand vanuit een eerstepersoons perspectief. Vuur vanuit die positie met de juiste timing op de staart van het beest om de voorkomen dat hij je daarmee steekt. Knal vervolgens missiles op het hoofd van het beest om hem te verslaan.

Goyagma
Waarom zou je vuur met vuur bestrijden als je ook ijs in je arsenaal hebt? Ontwijk Goyagma's enorme klauwen en schiet met de Ice Beam op de rode plek op zijn hals. Als je zo de hals hebt bevroren, moet je er een missile op vuren. Herhaal dit twee keer, gebruik je Ice Beam om de klauw van het monster te bevriezen, en gebruik Overblast om het beest maximale schade toe te brengen. Herhaal die laatste stappen zo vaak als nodig om het vuur in dit monster definitief te doven.

RB176 Ferrocrusher
Bezorg dit robotachtige monster eerst een koude schouder met een opgeladen Ice Beam. Als het schouderscharnier is omhuld met ijs, moet je er missiles op schieten om de arm van Ferrocrusher te vernietigen. Herhaal dit bij de andere arm, en houd er rekening mee dat het apparaat vervolgens met hoge snelheid je kant op komt. Deze aanvallen kun je ontwijken met Sensemove. Blijf zo ontwijken en vuren met je Ice Beam om Ferrocrusher tot stilstand te dwingen. Vuur dan missiles op zijn blauwgloeiende zwakke plekken om Ferrocrusher naar de schroothoop te knallen.

Vorash
 Begin het gevecht met de heetgebakerde Vorash door de overduidelijke zwakke plekken op zijn hoofd en lichaam te raken. Als hij zijn muil wijd openspert, moet je de grappling beam er in schieten om hem op land te trekken. Vuur vervolgens missiles op zijn zwakke buik om hem flinke schade toe te brengen. Blijf dit herhalen om als overwinnaar uit de strijd te komen.