Tous les logiciels qui sortent actuellement sur Nintendo DS sont jouables sur Nintendo DSi. Cependant, comme la Nintendo DSi n'est pas équipée de port pour cartouche de jeu Game Boy Advance, certains jeux DS utilisant le port pour cartouche de jeu GBA ne fonctionneront pas, ou certaines fonctionnalités de ces jeux ne seront pas utilisables. Cela concerne les jeux qui proposent d'échanger des données entre la carte DS et la cartouche de jeu Game Boy Advance, ou les jeux nécessitant l'insertion d'un accessoire dans le port pour cartouche de jeu GBA.

Voici une liste des produits Nintendo DS qui ne sont pas (totalement) compatibles avec la Nintendo DSi :

• Guitar Hero: On Tour et Guitar Hero On Tour: Decades ne sont pas jouables.
• Certaines fonctionnalités ne sont pas disponibles dans : Pokémon Diamant, Pokémon Perle, Pokémon Platine, Pokémon Dash et Pokémon: Donjon Mystère: Equipe de Secours Bleue.
• Les accessoires suivants ne sont pas utilisables : cartouche vibration Nintendo DS, lecteur MP3 Nintendo, navigateur Nintendo DS Browser, navigateur Nintendo DS Lite Browser, cartouche d'extension mémoire Nintendo DS, cartouche d'extension mémoire Nintendo DS Lite, "Guitar Grip" de Guitar Hero.

A l'avenir, certains jeux DS pourront inclure des fonctionnalités qui ne pourront fonctionner que sur Nintendo DSi ou ne fonctionneront pas du tout sur les consoles Nintendo DS et Nintendo DS Lite. Cela fera l'objet d'une mention spécifique sur l'emballage du jeu ainsi que sur sa page de jeu disponible ici, sur le site de Nintendo.