本作は、Wii U 版『ピクミン 3』から遊びやすさ・遊びごたえがデラックスになりました。
選べる難易度は3種類。自分にあった難易度で惑星を探索できます。※「ゲキカラ」は「むずかしい」をクリア後に遊べるようになります。
何をしたらいいのかわからなくなっても、矢印が目的地へ誘導してくれます。
ロックオン機能が追加され、狙いを定めやすくなりました。
制限時間内にお宝をすべて回収できなくても、「居残り」をすれば時間制限なくそのまま続けて回収できます。 ※「居残り」ですべてのアイテムを回収すると、ステージクリアになります。 ※「居残り」でのスコアは記録されません。