本作は、Wii U 版『ピクミン 3』から遊びやすさ・遊びごたえがデラックスになりました。
アルフたちが食料集めに奮闘している一方で……とある 2 人は、大事な仕事の真っ最中。 これは、メインモード「ストーリー」の裏側で起こったおはなしです。 ※「ストーリー」を進め、特定のボスを倒すと遊べるようになります。
※プレイ人数は、ゲーム中いつでも変更できます。
Wii U版で配信されたダウンロードコンテンツ「ミッション追加ステージ(有料含む)」の20コースもすべて収録しています。