星暦20XX年。 食料不足を解決するため、3人の隊員が 謎の惑星へ調査へ向かうことになった。 しかし、着陸寸前にアクシデントが発生。 散り散りになった彼らが目覚めると、 そこで不思議な生きものに遭遇した。 誰かが残したメモによると、見たこともない その生きものは、ピクミンというらしい……。