Le Wii U Basic Pack dispose d'une mémoire flash interne de 8 Go, tandis que le Wii U Premium Pack en dispose de 32 Go. Cependant, en raison des différences entre le système décimal et le système binaire qui régit le monde de l'informatique, la taille de stockage réelle de chaque console est de 7,45 Go pour le Basic Pack et de 29,8 Go pour le Premium Pack. Une partie de la capacité de stockage est également utilisée pour les tâches de gestion de la console, ce qui laisse respectivement 7,2 Go et 29 Go. L'espace de stockage restant pour sauvegarder des données une fois les données réservées au système de la console et les applications intégrées est de 3 Go pour le Wii U Basic Pack et environ 25 Go pour Wii U Premium Pack.