De systemen verschillen met name in grootte en gewicht. Alle Nintendo DS-spellen kunnen op beide systemen gespeeld worden. Ook bij het gebruik maken van de draadloze mogelijkheden van beide systemen, wordt er geen onderscheid gemaakt tussen een Nintendo DS en een Nintendo DS Lite. Aangezien de Nintendo DS Lite kleiner van formaat is, zullen Game Boy Advance-spelcassettes en Nintendo DS-software en -hardware die gebruik maken van de spelcassette-opening enigszins uitsteken. Kijk voor meer informatie op de officiële website van de Nintendo DS Lite.

Let op: Nintendo DS-software en -hardware die gebruik maken van de spelcassette-opening (zoals de Nintendo DS Browser) zijn soms verkrijgbaar in een verschillende Nintendo DS- en Nintendo DS Lite-versie. Daarnaast is de standaard meegeleverde voeding van beide systemen (de oplader) verschillend. De voeding voor de Nintendo DS Lite is dus niet compatibel met een Nintendo DS en andersom.