El Wii U Basic Pack incluye 8 GB de memoria flash interna y, el Wii U Premium Pack, 32 GB. Sin embargo, debido a diferencias entre el sistema numérico decimal (como las cantidades mencionadas) y los estados binarios que usan los ordenadores, la capacidad real de las consolas es de 7,45 GB para el Basic Pack, y de 29,8 GB para el Premium Pack. Parte de este espacio de almacenamiento se reserva para fines administrativos, lo que deja libre un total de 7,2 GB y 29 GB respectivamente en cada consola. Excluyendo el espacio ocupado por las funciones de sistema y los programas preinstalados, la cantidad de memoria disponible para el guardado de datos en el Wii U Basic Pack es aproximadamente de 3 GB, y de unos 25 GB en el Premium Pack.