Sincronizar o Comando Remoto Wii à consola Wii permite que o comando comunique com a consola. O Comando Remoto Wii incluído na tua consola deve estar já sincronizado com a tua consola. No entanto, todos os Comandos Remotos Wii adicionais que utilizes com a tua consola também precisam de ser sincronizados de modo a funcionarem corretamente.

Existem dois modos diferentes de sincronização:

• MODO STANDARD - O Modo Normal é utilizado quando adicionas outros Comandos Remotos Wii à tua consola ou se queres voltar a sincronizar o teu comando Wii original. Uma vez sincronizado, o Comando Remoto Wii ficará ligado à consola a não ser que substituas as tuas definições sincronizando o comando com outra consola.
  
• MODO TEMPORÁRIO - Este modo permite-te utilizar temporariamente o teu comando numa outra consola que não a tua ou utilizar o Comando de um amigo na tua consola. Este modo pode também ser utilizado para alterar a ordem dos Comandos Remotos Wii sem teres de desligar a consola Wii. O Modo Único não apaga as definições do Modo Normal. Neste modo, o Comando Remoto Wii só irá comunicar com a consola Wii enquanto a consola estiver ligada. Quando esta for desligada, o Comando Remoto Wii perderá a sua sincronização com a consola.

 Só um Comando Remoto Wii em Modo Normal pode ligar e desligar a consola Wii.